האוניה אלטלנה
במהלך חודש יוני 1948, הגיעה אוניה עמוסה בנשק ותחמושת, שארגון האצ"ל רכש בעולם, לחופי תל אביב. העיתוי היה אחרי חתימת ההסכם, ולכן המדינה דרשה להעביר אליה את כל הציוד, האצ"ל דרש ש 20% מהציוד יועבר לארגון האצ"ל בירושלים. ממשלת ישראל, בהתאם לגישת הממלכתיות, התנגדה לקיומם של ארגונים צבאיים מחוץ לצבא הגנה לישראל. שני הצדדים לא היו מוכנים להתפשר, והמו"מ נכנס למבוי סתום.
לאחר שאנשי האצ"ל לא הסכימו להעביר את האניה לידי המדינה, היא הופגזה. התוצאה הייתה 19 הרוגים מקרב אנשי האצ"ל ו 3 חיילים. ארגון האצ"ל החליט לא להגיב מחשש להתפרצות מלחמת אחים במקביל למלחמת העצמאות.
בעקבות מקרה אלטלנה, הוחלט לפרק את גדודי האצ"ל ולשלבם כחיילים ביחידות צה"ל השונות.
פרשה זו הסעירה את המדינה הצעירה, ועד היום עולה נושא זה בספרות ובמחקר. לקראת סוף ספטמבר 1948 פורקו המחתרות סופית גם באזור ירושלים, לאחר ההתנקשות של לוחמי האצ"ל והלח"י במתווך מטעם האו"ם, הרוזן ברנדוט.
מפקדת האצ"ל פרסמה הודעה לחבריה, ובה היא מורה להם להצטרף בלב שלם לצבא המדינה.
המטרה הושגה, הקמת מדינה, עכשיו צריך לבנות את המדינה.
"חיילים אחים,
הסתיימה פרשה אחת ומתחילה נוספת שחררנו את ארצנו משעבוד זר, הקמנו שלטון עברי מתוך נאמנות למולדת. מתוך נאמנות זו אנו נוטשים את המחתרת ומצטרפים לצבא העברי…
…נשרת כפי שחיילי הארגון רגילים לשרת את העם: במשמעת ללא תנאי, בהקרבה ללא גבול ובמסירות אין סופית… לפנינו מטלות רבות להקים מדינה לעמינו בארצנו!"