מאבק הצבאי – המאבק בתחום הצבאי בבריטים התמקד בארץ ישראל, ונועד לשנות את המדיניות הבריטית, שגובשה לפני המלחמה ב"ספרים הלבנים".
במסגרת המאבק בתחום הצבאי, הוקמה תנועת המרי, שקיימה שיתוף פעולה בין המחתרות היהודיות נגד הבריטים. שיתוף הפעולה בין המחתרות, התבטא בקביעת מטרות לפגיעה בבריטים, בחלוקת תפקידים בין המחתרות ותכנון דרכי הפגיעה, ומנגד שמירה על עצמאות המחתרות בנושאים חשובים, כמו: רכישות נשק, פיקוד ותכנון.
לצורך ארגון שיתוף פעולה בין המחתרות, הוקמה "תנועת המרי העברי", ולה הייתה מפקדה צבאית משותפת, שנקראה ועדת איקס". ועדה זו שיקפה את הרצון של כלל המחתרות לפעול נגד שלטון המנדט הבריטי גם בדרכי אלימות. הקמת ועדת איקס, הייתה שינוי בתפיסה של הנהגת היישוב היהודי בארץ ישראל לפעול באלימות נגד הבריטים. תפיסה של גורמים שונים שחששו, שפעילות אלימה נגד הבריטים תגרום לתגובה בריטית העלולה לפגוע בסיכויי הקמתה של מדינה יהודית. המאבק הצבאי התמקד בפגיעה באינטרסים הבריטים בארץ ישראל, כמו: מחנות צבא, תחנות משטרה בריטיות, נמלי תעופה, תחנות מכ"ם, קווי טלגרף, גשרים, מלונות ומסעדות בהם שהו בריטים.
הפעולות הבולטות של תנועת המרי היו:
- פריצה למחנה המעצר בעתלית ושחרור 200 מעפילים יהודים.
- ליל הרכבות, פיצוץ מסילות רכבת בעשרות מקומות, במטרה לשבש את תנועת הרכבות. פעולה זו הייתה בשיתוף לוחמי האצ"ל והלח"י.
- פריצה לתחנות משטרה
- פיצוץ הראדר (מכ"ם) על הכרמל, שחשף את אוניות המעפילים
- התקפות על שדות תעופה.
- התקפה על מחסני הרכבת בחיפה, לוחמי הלח"י פוצצו מחסנים, מכונות, קטרים וקרונות רכבת בחיפה. בפעולה השתתפו 45 לוחמים 11 מהם נהרגו ו 22 נשבו.
- ליל הגשרים, ב 17/6/1946 אנשי הפלמ"ח פוצצו 11 גשרים, שחיברו את הארץ לארצות ערב השכנות. בין הגשרים היו: גשר אלנבי, גשר בנות יעקב וגשרים נוספים. פיגוע זה העיד על יכולת תכנון וארגון, ונועד למנוע העברת תגבורת בריטית ממחנות צבא בארצות השכנות. במהלך הפעולה נהרגו 14 לוחמי פלמ"ח, כתוצאה מפיצוץ תרמיל חומר נפץ בטעות.
הבריטים הגיבו בחריפות, היחס כלפי הישוב הוחרף, הבריטים עצרו חשודים, חיפשו מסתורי נשק, הענישו ציבורים גדולים (ענישה קולקטיבית), הטילו סגר ומנעו תנועה חופשית. אחת הפעולות הבולטות הממחישות את היחס של הבריטים הייתה
השבת השחורה, ב 29/6/1946 ערכו הבריטים מבצע רחב היקף ב 27 ישובים לחיפוש מצבורי נשק ולמעצר מנהיגים יהודים, במטרה לשבור את המוטיבציה וההתנגדות היהודית. במבצע זה נעצרו כ 3000 חברי ההגנה וחברי הנהלת הסוכנות היהודית. הבריטים תפסו מסמכים רבים, שבעזרתם ניסו להוכיח את הקשר בין הסוכנות לבין פעולות "ההגנה".
בתגובה לפעולת הבריטים בשבת השחורה, תוכננו מספר פעולות על ידי ועדת איקס, בינהן: פריצה למחנה בריטי בבת גלים, כדי להחזיר את הנשק שהבריטים מצאו בקיבוץ יגור, פשיטה על משרדי הבריטים בירושלים כדי להחזיר מסמכים שנתפסו ופיצוץ מטען גדול במלון קינג דויד בירושלים. בפיצוץ נהרגו יהודים, בריטים וערבים.
הפיצוץ במלון קינג דויד והתגובה הבריטית בשבת השחורה, גרמו נזק גדול לישוב היהודי ועוררו ויכוח נוקב,
שהוביל לפירוק "ארגון המרי העברי" ולהפסיק את שיתוף הפעולה בין המחתרות.