חברי הכנסת זוכים למעמד מועדף- לחסינות. החסינות מעניקה להם הגנה מיוחדת, היא מאפשרת להם למלא את תפקידם ללא חשש, שמא יועמדו לדין ומגנה עליהם מפני הטרדות.
עקרון החסינות נובע מתוך ההנחה שכדי שחבר כנסת, במיוחד חבר כנסת מהאופוזיציה, יוכל למלא את תפקידו כנציג הציבור בתחומי הפיקוח והביקורת על רשויות השלטון, יש למנוע מיריבים פוליטיים ומגורמים ברשות המבצעת את האפשרות לפגוע בעבודתו כחבר כנסת.
החסינות מוענקת לחברי הכנסת על מנת להבטיח את פעולתה התקינה של הכנסת כרשות מחוקקת, שכן קיים חשש שהרשות המבצעת יזום אישומי שווא כנגד חברי כנסת מטעמים פסולים: צמצום חופש הפעולה והביטוי של נבחרי העם (מהאופוזיציה בעיקר) ושיבוש פעולתם בעת מילוי תפקידם בכנסת.
סוגי חסינות:
חסינות עניינית: תפקידה הוא להגן על חבר הכנסת ולפטור ואתו מאחריות פלילית או אזרחית לגבי מעשים שעשה או דברים שאמר בתוקף תפקידו או למען מילוי תפקידו.
דוגמה: חבר כנסת שהשמיע ביקורת כנגד ראש הממשלה כגון "ראש הממשלה נוכל", לא יואשם בגין הוצאת לשון הרע, גם לא בתום כהונתו בכנסת. את החסינות הזו לא ניתן להסיר. למרות חשיבותה של החסינות, קיים חשש שחבר הכנסת יינצל את חסינותו לרעה ויטען כי כל מה שאמר או עשה, נעשה למען מילוי תפקידו.
חסינות אישית (חסינות דיונית-פרוצדורלית): חסינות זו מעניקה הגנה רחבה לחבר כנסת מפני מעצר והליכים משפטיים, מפני חיפוש גופני והחרמת מסמכים.
חסינות זו חלה על חברי הכנסת אם ביצעו עבירה שלא בעת מילוי תפקידם ולא למען מילוי תפקידם. היא נקראת חסינות דיונית-פרוצדורלית, כיוון שהכנסת יכולה באמצעות דיון להסיר חסינות זו. החוק מקנה לכנסת סמכות מעין שיפוטית ליטול חסינות של חברי כנסת, וזאת מפני שהיא חלה גם על מעשים שנעשו שלא במסגרת מילוי תפקידו של חבר הכנסת או למען תפקידו למשל, קבלת שוחד, גניבה או בגידה במדינה. הרציונל העומד מאחורי עקרון החסינות היא הצורך להבטיח את פעולתה התקינה של הכנסת ולא הרצון להגן על חבר הכנסת עצמו. כל חריגה מעבר לצורך זה וכל ניצול לרעה של מכשיר החסינות על ידי חבר כנסת צריך להיות מטופל בהתאם לחוק.
תהליך הסרת החסינות
הממשלה או כל חבר כנסת רשאים לפנות ליועץ המשפטי לממשלה, המשמש כממונה מטעם הציבור על שמירת שלטון החוק במדינה ועל שמירת החוק ברשויות השלטון, ולהמליץ בפניו לבטל את חסינותו של חבר כנסת.
ליועץ המשפטי לממשלה יש סמכות בלעדית להחליט אם להגיש את הבקשה להסרת החסינות, כדי שניתן יהיה להעמיד את חבר הכנסת לדין. היועץ המשפטי מביא את הבקשה לוועדת הכנסת, שמבררת אם ליועץ המשפטי יש מניעים פסולים לבקשה להסרת חסינות (דוגמת מניעים פוליטיים) או מניעים משפטיים ענייניים. בתום הדיון הוועדה מחליטה ברוב קולות אם להציע לכנסת להסיר את החסינות. הכנסת דנה בהצעה רק לאחר שניתנה לחבר הכנסת הזדמנות להשמיע את דברו, הן בוועדת הכנסת והן במליאה. ההחלטה על ההסרה יכולה להתקבל ברוב רגיל של המשתתפים בהצבעה.
בהתאם לחוק, הכנסת תדון בהצעה להסרת החסינות ,רק אם לכל חברי הכנסת נמסרה הודעה על קיום הדיון 24 שעות מראש לפחות. חבר הכנסת רשאי לערער על החלטת הכנסת באמצעות הגשת עתירה לבית הדין הגבוה לצדק. כל התנאים הללו נועדו להבטיח הליך משפטי הוגן. הסרת החסינות פירושה שניתן להעמיד את חבר הכנסת לדין, כמו כל אזרח, עם זאת הסרת החסינות אינה משעה אותו מהכנסת, והוא ממשיך לכהן כחבר כנסת.
יש מדינות בהן דורשים שהטיפול בנושא הסרת החסינות ייעשה על ידי גוף חיצוני ולא על ידי הכנסת, וזאת בשל החשש להשפעות פוליטיות ובשל הקושי הרגשי הנובע מכך שחברי כנסת נדרשים להחליט על ההעמדה לקיר של חבריהם.