הקשר בין הפלישה לברית המועצות לבין ההשמדה השיטתית של היהודים הוא בנקודת המבט הנאצית, שראתה ביהודי ברית המועצות כמי שהצליחו להשתלט על המדינה בדרכם להשתלט על מדינות העולם. הנאצים זיהו את היהודים כבולשביקים וכקומיניסטים כתומכי המשטר העיקריים.  מנקודת המבט האידיאולוגית הזו הם שאפו לחסל את היהודים במסגרת "הפתרון הסופי". היטלר בנאומיו קשר בין היהודים לבולשביקים, לכן הוא ראה בפלישה לברית המועצות חלק מתוכניתו לחסל את היהודים. לפי האידיאולוגיה הנאצית שטחי רוסיה ופולין הם חלק ממרחב המחיה הגרמני.

 מבצע ברברוסה היה תחילת המלחמה נגד "תת-האדם" (קומוניסטים, יהודים, בולשביקים). הפלישה לברית המועצות "שחררה" את הנאצים והובילה לפגיעה חסרת מעצורים, ללא רחמים ובסדיזם מופגן כלפי היהודים, הרוסים והקומוניסטים.

השמדת היהודים בשטחי ברית המועצות הישנים נעשתה, בין היתר, מתוך התפיסה האידיאולוגית הנאצית, כי היהודים הם המשענת העיקרית של המשטר הסובייטי, שהוא יציר כפיהם, ועל יסוד המדיניות שיש לעקור מהשורש את נושאי הבולשביזם. הנאצים התבססו על הפקודות לחיסול היהודים, שניתנו בעיקר בעל-פה, ועל "פקודת הקומיסרים", ורצח היהודים נתפס כחלק מהפעילות הצבאית.
הרצח הטוטלי של היהודים בכל ישוב שכבשו הגרמנים בשטחי ברית המועצות שבגבולותיה עד 1939, נעשה מייד לאחר כיבוש הישוב. השמדת היהודים בישובים הכבושים בידי הגרמנים בברית המועצות הייתה שיטתית.

את הקשר בין יהודים לבולשביקים היטלר ביטא בנאומיו:
 "עשרים שנה ויותר ניסה המשטר היהודי-בולשביקי במוסקווה לשלוח אש באירופה כולה, ולא בגרמניה לבדה… בלא היסוס קיבלו עליהם השליטים היהודים-בולשביקים במוסקווה את המשימה לכפות את שלטונם עלינו ועל האומות האירופיות האחרות, ולעשות זאת באמצעים צבאיים ולא רוחניים בלבד". 

החלטתו של היטלר לתקוף את ברית-המועצות הייתה חלק מהמאבק האנטישמי הכלל-עולמי, שציפה לו מאז אמצע שנות השלושים ו"הכין" אותו. לדבריו:
"עכשיו… הגיעה השעה שעלינו לעמוד פנים-אל-פנים מול הקשר של מחרחרי המלחמה האנגלו-סכסים היהודים, הרצח ההמוני ושל שליטי המרכז הבולשביקי במוסקווה, שגם הם יהודים בדיוק כמותם".
כך בתעמולה הנאצית היהודי הוא האוייב העיקרי: "דימוי-האויב" הגזעני-האידיאולוגי המסורתי שלה – "בולשביזם יהודי"  מהפלישה ב ביוני 1941 ועד סוף המלחמה ב 1945 זו הייתההמדיניות העקרית של הנאצים.

התפיסה המרכזית הזו, של האידיאולוגיה הנאצית שימשה לשיווק השנאה ליהודים בקרב שלושה מיליון חיילים גרמנים בחזית המזרח.
"הבולשביזם הוא האויב הקטלני של העם הגרמני הנציונל-סוציאליסטי. מאבקה של גרמניה מכוון נגד האידיאולוגיה ההרסנית הזו, ונושאיה. מאבק זה דורש פעולה נמרצת וחסרת רחמים נגד מסיתים בולשביקים, פרטיזנים, מחבלים, יהודים – ועקירה מן השורש של התנגדות אקטיבית ופסיבית כאחת".

חיסול והשמדת יהודי ברית המועצות הייתה בדרך של איסוף וריכוז קהילות יהודיות בברוטליות תוך כדי התעללות, ירי, הרג. לאחר מכן, הצעידו את היהודים, קהילות שלימות, ליערות מחוץ לכפרים ושם ציוו עליהם לחפור בורות ענק ולאחר מכן ירו בהם.
בישובים הקטנים אספו את חברי הקהילה בעצמם, הובילו אותם ליערות מסביב קבוצות קבוצות במרחק של כמה ק"מ אחת מהשניה. היהודים הוצעדו בשורות של חמישה או עשרה צמודים ותומכים איש את רעהו. הצועדים היו אחראים לכל השורה. כך שגם אם חלק מהיהודים התמוטטו, האחרים נאלצו לשאת אותם בהמשך.
על הצועדים שמרו חיילים גרמנים וכלבים מאומנים.

בקהילות בינוניות וגדולות היהודים נדרשו להקים יודנראט (מועצת יהודים) שנועד לרשום את היהודים, ולספק את מספר היהודים בהתאם לדרישת הגרמנים. לאחר מכן, הוציאו משלוחים וקבוצות לחיסול בבורות הירי ביערות הסמוכים.

ניתן לראות את הקשר בין הפלישה לברית המועצות לבין תחילת השמדת היהודים במרכיב האידיאולוגי  של תורת הגזע – חיסול היהודים, זיהוי היהודי עם הקומוניזם והבולשביזם, השתלטות על מרחב המחיה על שטחי ברית המועצות והנוכחות המאסיבית של יהודים בברית המועצות ( הם העריכו את היהודים בכ 5 מיליון איש).